Erbaut wurde die Brennerei von John Bulloch als Duntocher Distillery um 1800. Nach dem Bankrott von John Bulloch übernahm der Sohn Archibald Bullooch 1822 die Brennerei, doch vier Jahre später musste auch er Bankrott anmelden. 1834 verkaufte die inzwischen gegründete Bulloch & Co. Ltd. die Brennerei an John Hart und Alexander Filshie. 1878 wurde sie ein weiteres Mal und 1900 nochmals veräussert. 1903 ein weiterer Verkauf. Im zweiten Weltkrieg wurde sie bei einem deutschen Fliegerangriff teilweise zerstört und erst 1948 wieder in Betrieb genommen. 1960 übernahm J.& Tennent Ltd den damaligen Eigentümer und wurde 1964 selbst von Charingtons geschluckt. 1969 wurde Auchentoshan an Eadie Cairns Ltd. verkauft, die verkauften 1984 an Morrison Bowmore. 1994 landete sie bei Beam Suntory. Heute ist sie eine der letzten betriebenen Brennereien in den Central Lowlands.

Das Wasser der Brennerei stammt aus den Kilpatrick Hills. Das Malz ist nur leicht getorft. Auchentoshan verfährt nach der Dreifachdestillation, was in Schottland unüblich ist.